一、企業(yè)所得稅。法人股東將持有的其他公司股份轉(zhuǎn)讓出去發(fā)生利益所得，需要并入企業(yè)應(yīng)納稅所得額計(jì)算繳納企業(yè)所得稅。并且《國家稅務(wù)總局關(guān)于貫徹落實(shí)企業(yè)所得稅法若干稅收問題的通知》(國稅函〔2010〕79號)規(guī)定，企業(yè)在計(jì)算股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得時(shí)，不得扣除被投資企業(yè)未分配利潤等股東留存收益中按該項(xiàng)股權(quán)所可能分配的金額。所以，計(jì)算轉(zhuǎn)讓所得時(shí)不能扣除應(yīng)歸屬于上述公司被投資企業(yè)的未分配利潤。即即便是股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得中包含稅后利潤，也不能確認(rèn)企業(yè)所得稅免稅收入。當(dāng)然如果在股權(quán)轉(zhuǎn)讓之前先分配，符合條件的權(quán)益性投資收益屬于企業(yè)所得稅免稅收入。 二、個(gè)人所得稅。自然人股東將持有的股權(quán)轉(zhuǎn)讓所實(shí)現(xiàn)的利得按照“財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得”20%計(jì)算繳納個(gè)人所得稅。個(gè)人的應(yīng)納稅所得額是轉(zhuǎn)讓股權(quán)的收入總額減去股權(quán)的原值和合理費(fèi)用后的剩余金額。在股權(quán)轉(zhuǎn)讓交易中，轉(zhuǎn)讓方為納稅義務(wù)人，?受讓股權(quán)的一方是扣繳義務(wù)?，履行代扣代繳稅款的義務(wù)。 三、印花稅。非上市公司發(fā)生的股權(quán)轉(zhuǎn)讓是按照“產(chǎn)權(quán)轉(zhuǎn)移數(shù)據(jù)”繳納印花稅，稅率為價(jià)款的萬分之五，并且是合同簽訂的雙方均為印花稅納稅義務(wù)人。納稅義務(wù)人為小規(guī)模納稅或小型微利企業(yè)，可以享受減半征收印花稅優(yōu)惠政策。 四、以股權(quán)轉(zhuǎn)讓名義轉(zhuǎn)讓土地會涉及土地增值稅。一般來說，股權(quán)轉(zhuǎn)讓并不發(fā)生被投資企業(yè)不動產(chǎn)產(chǎn)權(quán)的轉(zhuǎn)移，所以不存在土地增值稅之說。但在實(shí)務(wù)中，對于明顯是以轉(zhuǎn)讓股權(quán)之名間接轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的，在股權(quán)轉(zhuǎn)讓環(huán)節(jié)，由收益取得方即股權(quán)轉(zhuǎn)讓方繳納土地增值稅。但按照國稅函[2000]687號文件，繳納土地增值稅必須滿足三個(gè)條件：1、股權(quán)轉(zhuǎn)讓行為為一次性行為;2、轉(zhuǎn)讓100%股權(quán);3、以股權(quán)形式表現(xiàn)的資產(chǎn)主要是土地使用權(quán)、地上建筑物及附著物。只有同時(shí)滿足上述三個(gè)條件才能適用687號文件對以股權(quán)轉(zhuǎn)讓方式轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的行為征收土地增值稅。如果以股權(quán)轉(zhuǎn)讓方式轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)行為的最終目的是為了避稅，那么企業(yè)通過多次股權(quán)交易或者轉(zhuǎn)讓99%的股權(quán)，就不滿足國稅函[2000]687號的適用條件，是不征收土地增值稅。主要是因?yàn)椋晦D(zhuǎn)讓股權(quán)的企業(yè)名下有大量不動產(chǎn)，在股權(quán)轉(zhuǎn)讓后，該公司的實(shí)際控制人會發(fā)生變化，間接的導(dǎo)致了不動產(chǎn)所有人發(fā)生變化，稅法規(guī)定這樣相當(dāng)于不動產(chǎn)轉(zhuǎn)讓，需要繳納土地增值稅。